يضم المطار قسم للشحن الذي يحتوي بدوره على هنكارات "صالات" للشحن ( الصادر ، الوارد ) وفق تجهيزات حديثة ، كما يضم مستودعات تخزين وغرف تبريد وتجميد وأجهزة تفتيش للطرود الكبيرة خاصة بالشحن. حديثاُ تم اعتماد مبدأ الصالة الواحدة في إنهاء إجراءات الشحن ، كما تم تزويد قسم الشحن بساحة خاصة لوقوف الشاحنات وقبان " ميزان " أرضي .

يتألف قسم الشحن من هنكارين أحدهم للوارد و الآخر للصادر . تبلغ مساحة كل هنكار 12.6× 38 = 478.8 متر مربع .

يمكن شحن البضائع والأمتعة لكافة المحطات العاملة انطلاقاً من مطار حلب الدولي من قبل كافة الشركات العاملة بالمطار وفق المعايير المعمول بها على الأمتعة والمعدات القابلة للشحن.